První zpráva o Chlenech pochází z roku 1348, ale je pravděpodobné, že vesnice existovala již nejméně o sto let dříve, protože se kroniky o Chlenech zmiňují: "...ve století třináctém stála zde kaple malá, až do roku 1384, kdy přestavěna byla...". A jistě ne sama.

Chleny nejdříve patřily litickému panství, později panství potštejnskému a choceňskému. Kolem roku 1560 žila v Chlenech Johanka Sendražická, řečená z Chlen. Vlastnila chlenský dvůr a pozemky. Pokračování rodu i celé historie Chlen je bohužel neznámé. Johančin majetek byl pravděpodobně rozprodán. Od roku 1790 byly Chleny jednou z nejchudších obcí panství kosteleckého.

V roce 1755 dochází k již druhé přestavbě kostela dostavěním hlavní chrámové lodi a v roce 1795 je kostel dokompletován výstavbou zvonice se třemi zvony.

Již roku 1868 zde bylo založeno divadlo a v roce 1878 pak Katolicko-hospodářsko-včelařská beseda, která se tím stala nejstarším známým spolkem. Od svého založení v roce 1880 zde existuje Sbor dobrovolných hasičů.

Roku 1879 byly na oslavu 25. výročí svatby císaře Františka Josefa I. vysazeny u kostela lípy, které patří dodnes k dominantám obce. V roce 1893 byl zdejší unikátní dřevěný vodovod nahrazen vodovodem litým, kovovým. Zbytky původního vodovodu jsou na některých místech obce stále v používání. Ve stejném roce byla u bývalého rybníka na návsi poražena památná lípa, jejíž stáří bylo výrazně přes 500 let.

Za trochu kuriózní možno považovat fakt, že do Chlen v době 2. světové války nepřišlo ani německé, ani ruské vojsko.

Největší počet obyvatel měly Chleny v roce 1910, a to 510. Od té doby se však jejich počet neustále snižuje, až na dnešních cca 240 trvale bydlících.